Большинство проблем решилось после отката системы как можно назад. Проблема была в неправильно скаченной программе с городского трекера, новая нестабильная версия которого активно засоряла большую часть папок. Или же это был вирус, пойманный в день загрузки программы, который вызвал множество сбоев, потом был обнаружен, стёрт, но сбои оставил.
Так что теперь всё вроде бы работает.